Registrácia zemepisného označenia sa realizuje prostredníctvom osobitných systémov ochrany. Niektoré regióny, ako napríklad Európska únia, majú regionálny register zemepisných označení. Existuje aj možnosť získať ochranu prostredníctvom medzinárodného systému, ktorý upravuje Lisabonská dohoda o ochrane označení pôvodu a ich medzinárodnej registrácii.

Výrobcovia tiež registrujú svoje zemepisné označenia ako kolektívne alebo certifikačné ochranné známky, avšak tieto označenia nie sú chránené ako zemepisné označenia, ale požívajú len ochranu podľa zákona o ochranných známkach.

Registrovať zemepisné označenie môže napríklad skupina výrobcov alebo producentov určitého produktu, ktorý je špecifický pre danú oblasť. Niektoré krajiny umožňujú aj štátnym alebo vládnym inštitúciám požiadať o registráciu zemepisného označenia.

Môžete zakázať používanie zemepisného označenia tretej osobe, ktorej výrobok nespĺňa normy stanovené pre chránené zemepisné označenie. Týmito normami môžu byť napríklad postupy pestovania, zberu, úroveň kvality atď.

Vo väčšine krajín nie je doba ochrany ohraničená časom, takže právna ochrana môže trvať neobmedzene dlho, pokiaľ je zemepisné označenie platne zaregistrované.

Hlavný rozdiel medzi ochrannou známkou a zemepisným označením spočíva v tom, že zatiaľ čo majiteľ ochrannej známky môže vylúčiť tretie strany z používania jeho označenia v podnikaní, aj keď táto tretia strana vytvorí úplne rovnaký výrobok, výrobcovia výrobku chráneného zemepisným označením nemôžu zabrániť niekomu, aby vyrábal alebo predával výrobok, ak taký výrobca používa rovnaké normy ako oni. Ak teda tretia strana spĺňa kritériá stanovené na používanie (napríklad kvalitu a vlastnosti výrobku) zemepisného označenia, môže oprávnene používať označenie so zemepisným označením na svojom výrobku. Ďalej je potrebné dodať, že ochranná známka a zemepisné označenie sa môžu navzájom dopĺňať.

Takisto ako používateľ zemepisného označenia nemôžete previesť svoje právo na jeho používanie alebo naň udeliť licenciu.